Penziony v Jindřichově Hradci nabízejí ubytování v historickém centru i klidnějších částech města, často s výhledem na zámek nebo řeku Nežárku. Ceny se pohybují od levných pokojů pro dva kolem 800 Kč až po komfortnější apartmány s wellness vybavením okolo 1500 Kč za noc. Většina penzionů poskytuje zdarma Wi-Fi, parkování a snídaně; oblíbené jsou také cyklopenziony s úschovnou kol a možností půjčovny. Pro rodiny s dětmi jsou k dispozici rodinné pokoje, pro páry pak klidná zákoutí s terasou nebo zahradou.
Mezi nejlépe hodnocené patří Penzion Kapitan (93 bodů) s klimatizovanými pokoji a čajovým setem, Penzion Kasper Cyklopenzion (92 bodů) 50 metrů od zámku s wellness centrem a vynikající snídaní, nebo historický Penzion Pod Zámkem (92 bodů) přímo na břehu Nežárky s restaurací Apetit. Wellness Penzion Palice (91 bodů) láká na sezónní bazén, saunu a parní lázeň, zatímco Pension U Starýho Dubu (92 bodů) nabízí podobný wellness komfort v klidné lokalitě. Pro milovníky moderní gastronomie je tu Penzion Černej Pták (90 bodů) s mezinárodní kuchyní včetně vegetariánských a bezlepkových jídel.