Penziony v Lipně nad Vltavou představují hlavní typ ubytování pro návštěvníky, kteří chtějí být blízko přehrady i zimních středisek. Typická cena za dvoulůžkový pokoj se pohybuje mezi 1 200 a 2 500 Kč za noc v hlavní sezóně, přičemž většina penzionů nabízí zdarma Wi-Fi, parkování a snídani. Pro rodiny s dětmi jsou vhodné penziony s bazénem či dětským koutkem, zatímco sportovci ocení skibusy a úschovnu kol. Nejlepší lokalita je v docházkové vzdálenosti od mariny (300 m) nebo lanového parku Lipno (14 minut pěšky), odkud je to blízko k cyklostezce i sjezdovkám.
Mezi nejlépe hodnocené patří Penzion Slupečná (hodnocení 9,3) s rodinnými pokoji, zahradou a venkovním bazénem, který je vzdálený 3,1 km od hráze Lipno. Penzion Jája Lipno nad Vltavou zase vyniká skóre 9,6 a nabízí apartmány s kuchyňkou, krbem a terasou, což ocení hlavně rodiny či páry hledající klid. Pro milovníky vodních sportů je ideální Penzion Pristav, situovaný jen 150 metrů od břehu jezera, s půjčovnou lodí a kol. Pokud preferujete moderní vybavení a wellness, Lesní pension disponuje saunou, vířivkou a venkovním bazénem. Před rezervací si ověřte, zda je v ceně zahrnuta snídaně, případně jestli penzion poskytuje slevy na skipasy či vstup do aquaparku.