Penziony v Mikulově patří mezi oblíbené ubytování pro turisty i vinaře. Nabízejí příjemný poměr ceny a kvality, často s bezplatným parkováním a snídaní v ceně. Většina z nich je rodinného typu, s možností ubytování v klidných částech města i v centru. Ceny se pohybují od levnějších variant po komfortnější penziony s nadstandardním vybavením, jako je klimatizace či nabíjecí stanice pro elektromobily.
Mezi nejlépe hodnocené patří Penzion Mušlov s dětským koutkem a restaurací, Comenius Moravus vinařský dvůr s výjimečnou snídaní a možností půjčení kol, a Motel Eldorado s americkou restaurací a stolním tenisem. Penzion Monner láká na klimatizované pokoje a výbornou snídani, zatímco Penzion Terasa nabízí čerstvě zrekonstruované ubytování s à la carte snídaní. Pro nenáročné cestující je vhodný penzion Pod Vinicí v centru města.