Penziony v Prachaticích představují ideální základnu pro poznávání historického města i okolní šumavské přírody. Nabízejí rodinné pokoje, vlastní koupelny a často i možnost stravování. Ceny se pohybují v nižší až střední kategorii, což ocení rodiny s dětmi i páry hledající klid. Většina penzionů je situována v centru nebo v klidných částech města, s dobrým přístupem k pěším i cyklistickým trasám.
Mezi nejlépe hodnocené patří Wellness Penzion Harmonie Rohanov (92 %), který nabízí wellness centrum, tradiční restauraci a dětské hřiště. Pivovar Prachatice (87 %) láká na centrální polohu, moderní restauraci s místní kuchyní a vlastní pivo. Penzion Pod Hradbami (91 %) poskytuje rodinné apartmány s kuchyňským koutem, ideální pro delší pobyty. Všechny penziony mají bezplatné Wi-Fi a parkování.