Penziony v Třeboni nabízejí cenově dostupné ubytování pro rodiny i jednotlivce. Většina penzionů je v centru města, pěšky k zámku Třeboň a dalším památkám, ale narazíte i na klidnější lokality u vody nebo na okraji. K běžnému vybavení patří kuchyňky, zahrady, terasy a často i bazény či wellness.
Nejvyšší hodnocení získaly Penzion Admirál s kuchyňkami a zvukotěsnými pokoji, Modrá růže Třeboň v centru města a Ubytování U Draka s venkovním bazénem. Hotel Bílý jednorožec se spa, vnitřním bazénem a restaurací dosáhl 92 bodů. Penzion Dvorce s rodinnou restaurací a vodními sporty má hodnocení 93. Penzion Oregano Třeboň nabízí italskou kuchyni a pláž.
