Penziony ve Zlíně nabízejí ubytování v klidných částech města i blízko centra. Ceny začínají kolem 800 Kč za noc, většina poskytuje bezplatné parkování a Wi-Fi. Pro rodiny jsou vhodné penziony s dětským hřištěm a rodinnými pokoji, pro páry zase tiché pokoje s terasou nebo výhledem do zahrady. Vyplatí se rezervovat předem, zejména v hlavní sezóně.
Mezi nejlépe hodnocené patří Penzion Uno (93 bodů) s výbornou snídaní a dětským trampolínou, Penzion Na Smetance (92 bodů) s kontinentální snídaní a tichou polohou, a Penzion Sokolská (90 bodů) se střešním bazénem a sluneční terasou. Lesná Penzion (94 bodů) láká na restauraci a bufetovou snídani, U Pana Domácího (92 bodů) zase na steakhouse a vířivku. Pro milovníky přírody je ideální Koliba U Černého Medvěda (88 bodů) v horském stylu s výhledem na Tlustou Horu.